歯周病の発症には数十種類以上の細菌（歯周病原性菌）が関与しており、その菌の種類によって病状の進み方や治り具合なども異なります。
歯周病菌PCR検査では、構内に生息する歯周病原性菌の種類や数を測定し、歯周病の進行状況や悪性度を診断していきます。

レッドコンプレックス

数十種類に及ぶ歯周病原性菌もその種類ごとに個性があり、緩やかに活動する菌もいれば急激に症状を悪化させる菌もいます。
アメリカのソクランスキー博士は歯周ポケットの中に生息している菌を分析し、歯周病に関連の深い6つのグループに分類しました。
さらにこれらをピラミッド型の模式図にしました。この６つのグループそれぞれの集まりを「コンプレックス（集合体）」と呼んでいます。

レッドコンプレックスはこのピラミッドの頂点部（レッド）に属する菌種で、歯周病原性菌の中でも病原性が高く、歯周病の発症や進行に深く関係しています。
現在、レッドコンプレックスに属する菌種は3種あり、歯周病の細菌検査でこの3つの菌種が検出されると「悪性度が高く重症化しやすい歯周病」と診断されます。

ポルフィモナス・ジンジバリス（p.g菌）

歯周病原性菌の代表格で病原性が非常に高いのが特徴です。
酸素を嫌う性質があり、歯周ポケットの奥深くに生息しています。

歯周病だけでなく全身の病気との関連も指摘されており、血管の内側に粥状の沈着物（アテローム）が付着し血管を塞いでしまう「アテローム性動脈硬化症」のほか、アルツハイマー病にも関連があるとされています。

悪性度の高いp.g菌については、早期に対処しておくことで歯周病の重症化を防ぐことにもつながります。

トレポネーマ・デンティコーラ（T.d菌）

らせん状の形をした菌で、きりもみのような動きをしながら組織や血管内に侵入し増殖します。
タンパク質を分解する酵素や免疫を抑える物質を出します。

タンネレラ・フォーサイシア（T.f菌）

細長く紡錘状（真ん中が太く両端が細い）の形をしています。
タンパク質を分解する酵素の他に、菌体内部に毒素を持っているのが特徴です。